天然产物化学实验室创建于2009年，面积161.9m²，固定资产8万余元。主要仪器有旋转蒸发仪、电热鼓风干燥箱等，可同时满足多个教学班的天然产物化学实验教学任务，2-3人一组。天然产物实验室主要承担天然药物化学、制药分离工程、中药制剂分析实验等教学工作及化学、应用化学、制药工程员工毕业论文及教师的科研工作。

通过对具有生物活性的物质的化学结构、理化性质的学习，员工学会提取分离、结构鉴定、中药开发等方面的基本实验技能，实际动手操作能力得到锻炼，培养从事天然药物方面的研究、开发和生产能力，成为我国药学事业的发展的应用型人才。